In deze game is Sonic op vakantie wanneer hij een telefoon krijgt van Tails. Deze vertelt Sonic dat Knuckles is ontvoerd door de mysterieuze Marauders en dat de zes Chaos Emeralds verdwenen zijn.Ook Eggman maakt een verschijning in de game, maar hij is niet de belangrijkste vijand in de game. Het verhaal laat de speler door twee soorten omgevingen reizen, de eerste soort zijn de typische Sonic werelden, terwijl de tweede soort veel duisterder is.
