Sinds de intrede van de SNES heeft Chunsoft een reeks RPGs gemaakt met als naam Fushigi no Dungeon of Mysterious Dungeon. Nu werkt Chunsoft aan twee Mysterious Dungeon games in samenwerking met Nintendo, gebaseerd op de Pokémon franchise.

De hoofdrolspeler in de game gaat op een avond rustig slapen en wanneer hij wakker wordt, beseft hij dat hij veranderd is in Pokémon. Daarna moet je twee partners kiezen voor je Pokémon Rescue Squad. Je taak is vanaf dat moment om een oplossing te zoeken voor je probleem en allerlei Pokémon helpen. Daarvoor moet je de Mysterious Dungeon doorlopen waarvan elke vloer willekeurig wordt bepaald qua vorm. Je zal er ook veel Pokémon tegenkomen, zowel vijandelijke als vriendelijke.